南京农业大学是国家"211工程"重点建设大学和"985优势学科创新平台"高校

一级学科国家重点学科：作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学

二级学科国家重点学科：蔬菜学、农业经济管理、土地资源管理

国家重点（培育）学科：食品科学

江苏重点建设学科

十二五期间一级学科省重点学科：科学技术史、畜牧学、公共管理、生态学、草学

二级学科省重点学科：植物学、微生物学、科学技术史、食品科学、果树学、植物营养学、动物营养与饲料科学、基础兽医学、临床兽医学、土地资源与管理、生物信息学、农村发展、植物检疫与生物安全、农业信息学。

江苏高校优势学科建设工程：作物学、植物保护、农业资源与环境、兽医学、食品科学与工程、农林经济管理、现代园艺科学、农业信息学